HPCDIY Blog
プレゼント: Virtual HPC Cluster USB (第28回計算工学講演会にて)
Virtual HPC Cluster USBを第28回計算工学講演会(つくば国際会議場)でアンケート記入で無料プレゼントします。
Virtual HPC Cluster USBの使い方
本Blogで連載の「HPC Cluster構築」の手順に従って作成した、Virtual HPC Cluster USBの使い方を説明します。
USBメモリをノートPC、デスクトップPC、ワークステーション、サーバーなどに差し込んで、Boot Deviceとして選択して立ち上げます。
Virtualboxでguest OSのubuntu20.04とコピー&ペースト可に設定する
VirtualboxのhostOSとguestOs間でCopy&Pasteができるように設定する方法を解説します。GuestOSはubuntu 20.04です。
HPCクラスター構築(その10)最終回
これまでHPC Clusterの構築方法と簡単な使い方を解説してきましたが、Virtualbox上でのことでした。Virtualboxでは所詮1台のコンピュータ上で仮想のクラスターをシミュレーションしているので、性能などには限界があります。Real マシンのクラスターで性能や使い勝手がどうなるかなど、RealマシンにVirtualbox上のクラスターを移設したくなるかもしれません。今回はこの方法を解説します。
HPCクラスター構築(その9)
MPIプログラムを複数ノードを使って実行させる場合、hostfileの作成や、またどのノードが何コア空いているかを調べたりするのに、手間と時間がかかり、思いついてパッと実行することができません。しかし、ジョブスケジューラを使えば、準備やチェックが全く不要で、直ぐにジョブの投入が可能です。今回は姫野ベンチのMPIバージョンを、lavaに投入する方法の実際を解説していきます。
HPCクラスター構築(その8)
これまでの連載でhpcクラスターを構成するために必要なソフトウェアのインストールと設定は全て終わりました。
現在のところhpcクラスターを構成するノードはhpc01とhpc02の2台だけですが、hpc02をクローンして幾つかのファイルを修正すれば、ノードを増やすことができます。
ここではhpc03とhpc04を作ってクラスターに加えることにします。
無料ソフトウェアをダウンロードするには
HPCクラスター構築に役立つ、無料でダウンロード可能なソフトウェアを少しづつアップしていきますが、そのダウンロードの方法を説明します。
HPCクラスター構築(その7)
ジョブスケジューラのインストールと設定を行います。クラスターがバラバラのPC/サーバに比べて非常に便利な点に、ジョブスケジューラが使えることがあります。プログラムのパラメータや入力ファイルを少しづつ変えて、たくさん流してその結果を比較したい場合など、プログラムを多数実行したい場合は多々あります。以下では、それらのプログラムの実行をジョブと呼ぶことにします。ジョブスケジューラを使うと、多数のジョブを1つ1つ、クラスター内のコンピュータの空いているコアに実行させ、最短時間で全てのジョブの実行を完了させることができます。
HPCクラスター構築(その6)
1台のコンピュータではプログラムの実行速度が遅い場合、複数台のコンピュータを使って、実行速度を速くできます。そのために使われる標準的な方法がMPI(Message Passing Interface)です。ライブラリとコンパイラのラッパー、起動用のコマンドなどのセットになっていて、Ubuntuを使っていれば、簡単にインストールできます。プログラムはMPI用に書き換える必要があります。ここでは、MPIのインストールと、MPI用姫野ベンチをダウンロードしてMPI用にコンパイルしてhpc01単独、hpc01とhpc02の2台で実行の比較を行います。
HPCクラスター構築(その5)
ログインノード(hpc01)でユーザー登録すれば、クラスターの全ノードでそのユーザーが有効になるように設定を行います。